Você pode marcar a região a ser citada usando C-SPCif no modo Texto e usar o M-;que está vinculado comment-dwime que solicitará uma "Sintaxe de comentário" que você poderá inserir >no prompt.
Depois de usar comment-dwimpara prefixar as linhas, você também poderá descobrir M-qqual é fill-paragraphútil para agrupar as linhas da cotação em bloco, se não estiver interessado em preservar o comprimento da linha original.
Como alternativa, se você tiver markdown-modeinstalado, poderá M-x markdown-modealternar para ele e marcar a região que deseja citar e usar à C-c C-s qqual está vinculada markdown-insert-blockquote.
Por fim, se você realmente deseja usar query-replace-regexpum terminal que, às vezes, não funciona devido à combinação das teclas Ctrl, Meta e Shift, que precisam ser pressionadas ao mesmo tempo, você pode achar que funciona usando o seguinte sequência Escentão C-%. A Escchave é essencialmente uma tecla "meta lock" que mantém a meta pressionada durante a próxima sequência de teclas.
.emacs! :)