Não, não é possível recarregar a configuração modificada e fazer com que o Emacs se comporte como se essas modificações já estivessem em vigor quando o Emacs foi carregado. Em resumo, os pacotes Emacs têm muita liberdade para que isso seja viável.
Você menciona que alguns dos principais modos não captam alterações na configuração. Uma razão provável para isso é que a ativação do modo define algumas variáveis locais do buffer com base nos valores atuais de certas opções. Sem reativar esse modo em cada buffer que o utiliza, nem todas as alterações serão captadas. E mesmo assim é bem possível que algumas coisas permaneçam inalteradas. As chances desse trabalho são maiores quando as opções são personalizadas usando um custom-set-variables
formulário, mas isso deve ser implementado explicitamente para cada opção. E até agora só falamos sobre os principais modos e suas opções ...
Você pode tentar implementar um comando para reativar o modo principal de cada buffer. Mas é improvável que habilite totalmente todas as alterações e, pior ainda, desabilite todos os modos menores que você ativou manualmente e perca todos os tipos de outros estados.
Por esse motivo, eu até recomendaria não eval-buffer
incluir seu arquivo init para pegar o maior número possível de alterações. Avalie as configurações alteradas individualmente usando eval-last-sexp
e, se isso não funcionar, bem, você precisará reiniciar o Emacs.
Como o estado pode ser preservado quando o Emacs é fechado é uma pergunta diferente que deve ser feita separadamente.