Respostas:
Adicione a entrada apropriada para TeX-command-list. Insira o seguinte código no seu arquivo init:
(eval-after-load "tex"
'(add-to-list 'TeX-command-list
'("Arara" "arara --verbose %s" TeX-run-TeX nil t :help "Run Arara.")))
A --verbosebandeira foi sugerida por Paul Stanley.
C-c C-a?
C-c C-c Arara RETdeve funcionar #
("Arara" "arara --verbose %s" TeX-run-Tex nil t :help "Run Arara.")O--verbosesinalizador permite que o auctex analise a saída e evite erros espúrios.