Pesquisei na internet e não encontrei ninguém que tivesse feito uma troca direta. Concedido, provavelmente a maioria dessas substituições ocorreu antes da existência da internet ;-). Como tenho certeza de que você já está ciente (mas para ser completo), os projetos modernos de bombas de difusão usam fluidos de trabalho sintéticos .
Provavelmente será necessário algum ajuste fino das temperaturas do aquecedor e do resfriador, mas não vejo nenhuma razão para que não funcione. Se você tiver meios de medir o nível de vácuo, poderá passar por diferentes temperaturas para encontrar empiricamente suas novas condições operacionais ideais.
Na pior das hipóteses, a eficiência do bombeamento será menor porque o diâmetro do bico foi projetado para partículas de maior densidade. No entanto, eu não sou um físico do vácuo, então quem sabe, pode funcionar ainda melhor do que antes ;-)
Outra questão possível é que pode haver mais retorno do óleo para a câmara de vácuo, resultando em níveis inaceitáveis de contaminação do óleo. Talvez o defletor que você mencionou resolva isso; difícil dizer sem alguma experimentação.
Desde que o oxigênio não chegue ao óleo durante a operação, ele não falhará catastroficamente, então tente e deixe-nos saber como foi!
Referência:
boa visão geral dos fluidos de trabalho da bomba de difusão
Alguma boa história ou mercúrio como fluido de trabalho da bomba de difusão