A idéia da criação de protótipos é obter uma versão de trabalho rápida e suja da sua ideia e depois descartar o protótipo para criar uma arquitetura sólida para o seu produto final.
É importante reconhecer que um protótipo não deve ser (e nunca deve ser) refatorado para um produto; portanto, não é necessário escrevê-lo no mesmo idioma em que você deseja escrever seu jogo final. É melhor escolher uma linguagem de programação que permita um desenvolvimento rápido, como o Flash, como você mencionou.
Os protótipos, por natureza, não são projetados para serem códigos duradouros. Os protótipos são projetados para serem jogados fora. Eles são únicos. É inadequado projetar demais um protótipo. Um protótipo é como uma cidade em um filme ocidental. É tudo fachada. Não há nada por trás disso. Você não pode se mudar e criar uma família em uma dessas casas.
Se você deseja criar algo que possa usar mais, esse não é um Protótipo, mas um Tracer Bullet, como Andy Hunt e Dave Thomas o chamam no livro O Programador Pragmático .