Geralmente, quando você começa sem experiência, deve usar a solução existente em vez de inventar algo novo.
No entanto , sua situação é diferente. Nem FATE nem GURPS são estruturas projetadas para RPGs baseados em navegador. Portanto, a questão é sobre adaptá-los, não sobre usá-los. Adaptar um sistema de mesa existente para um RPG on-line não é trivial e provavelmente uma tarefa esmagadora para uma pessoa comum que escreve seu primeiro RPG on-line.
Se você cria seu próprio sistema, ainda precisa se inspirar em algum lugar, por isso recomendo criar seu próprio sistema inspirado em FATE ou GURPS. Dessa forma, você pode facilmente fazer alterações que beneficiam a jogabilidade e simplificam a implementação.