Permitam-me que prefácio que os caras da Unity têm sido muito bons em ouvir as principais dúvidas que sua comunidade enfrenta e acabam prometendo melhorar as coisas. Também existem muitos problemas que surgem em determinadas plataformas ou são uma questão de preferência pessoal ou problemas específicos do jogo em que você está trabalhando.
Dito isto:
1) Má integração do controle de origem e ferramentas de equipe grande. Como você mencionou, muitos arquivos binários não diferíveis. O editor ignora o sinalizador somente leitura para arquivos de cena. Os arquivos reais que você precisa fazer o check-in não são imediatamente óbvios. Parte disso está sendo corrigida no 3.5 com integração SVN e P4. Também há promessas de formatos de cena baseados em texto. ATUALIZAÇÃO: O formato da cena baseada em texto agora está disponível na versão Pro do Unity. Veja aqui .
2) Ferramentas de interface do usuário lentas e centradas no programador. Cada widget é sua própria chamada de empate, que possui muita sobrecarga nas plataformas móveis. Não existe o conceito de painéis com animações e todas as outras coisas sofisticadas que fazem uma interface do usuário se sentir bem sem fazer você mesmo. Há uma promessa de um novo sistema de interface do usuário no roteiro (3.6?). Existem algumas ferramentas de terceiros, mas elas não são ótimas.
3) Edição de partículas realmente rudimentar. Eles estão prometendo um novo sistema baseado em curvas na versão 3.5, no entanto. ATUALIZAÇÃO: Este sistema baseado em curvas, chamado Shuriken, já está disponível. Veja aqui .
4) Você não pode aninhar prefabs. Um pequeno problema, mas quando você está acostumado a trabalhar com o sistema pré-fabricado e com toda a energia que ele fornece, pode ser frustrante. Isso foi prometido, mas nenhuma data específica. ATUALIZAÇÃO: Agora você pode aninhar prefabs.
5) Quase impossível obter um jogo iOS abaixo do limite acima do ar. O binário sozinho é como 8 megas no melhor cenário. Isso não é algo facilmente corrigível.
6) Plataformas de falha de exceções de referência nulas que não permitem código compilado JIT. Nas versões autônoma ou da Web, os NREs são capturados. Ainda é uma exceção não capturada, mas pelo menos o aplicativo tentará continuar em execução. No iOS, ele trava o dispositivo. Você pode colocá-lo no modo de depuração e capturar alguns tipos de exceções, mas o desempenho é prejudicado.
7) Ao trabalhar em um jogo multiplataforma, sempre que você alterna entre alvos de construção, é necessário reimportar tudo e isso leva muito tempo. Eu trabalhei em torno disso, na verdade, apenas tendo várias cópias do projeto em disco. Aparentemente, existe um servidor de ativos importados na versão 3.5.