Eu realmente gosto dos artigos de comparação da Wikipedia; o artigo Comparação de software de computação gráfica em 3D é particularmente relevante para esta questão.
Em particular, convém verificar o trueSpace Caligari descontinuado, usado na modelagem de jogos IIRC, ou Ayam , "um ambiente de modelagem 3D gratuito para a interface RenderMan".
Mas o Blender, de longe, é o software 3D gratuito mais amplamente usado, e acredito que sua segunda opção, Milkshape, provavelmente seria a segunda mais popular. Eu gosto do Milkshape por causa da facilidade de implementação do formato MS3D.