Depende do que você quer dizer com "bibliotecas". Flixel e FlashPunk são basicamente Game-Engines e têm implementações para detecção de colisão, partículas, animação, save-games, reprodução de áudio etc.
Além desses dois que você mencionou, também há o Push Button Engine, que é mais modular que os outros dois.
Se você estiver interessado em aprender Flixel ou FlashPunk, dê uma olhada no site colaborativo Flash Game Dojo, que é um bom recurso para jogos baseados em Actionscript (especialmente se você estiver desenvolvendo com Flixel ou FlashPunk).
Existem várias bibliotecas especializadas que também são muito úteis para desenvolvedores de jogos em flash:
- Implementações de estruturas de dados poligonais de várias estruturas de dados comumente usadas. Otimizado para velocidade.
- Turbosigna uma implementação de sinal / slot otimizada para velocidade. Muito útil para jogos e um ótimo substituto para eventos em flash.
- ... e, claro, bibliotecas como Away3D ou TweenLite