A rede incorporada da Unity é a RakNet. Até onde eu sei, dentro do Unity é realmente apenas para jogos ponto a ponto (ou seja, você não pode realmente executar um servidor independente).
A maioria dos jogos que conheço usam o Unity e o multijogador usa o Photon da Exit Games . Paradise Paintball usa. O mesmo acontece com Atmosphir. Você escreve o código do servidor no .NET que é compilado em uma DLL e executado com o software do servidor. Há uma DLL de cliente que você pode simplesmente acessar no Unity junto com seu próprio código específico.
Você não pode distribuir o servidor, pois ele é licenciado por máquina em que está sendo executado, mas se você deseja que os clientes possam se conectar aos seus servidores, é uma solução comprovada para isso.