Resumo: as listas fornecem mais agilidade, enquanto as árvores fornecem resultados mais fáceis de antecipar, mais simples de equilibrar e utilizar no design.
Para ser o mais conciso possível, a diferença entre listas e árvores de decisões é o nível de liberdade que o indivíduo que faz as escolhas possui.
Ao falar especificamente sobre habilidades e progressão de personagens, listas como as encontradas em Elder Scrolls fornecem decisões de forma livre. As árvores fornecem uma abordagem mais orientada, geralmente representando classes ou subclasses de alguma forma. Há menos liberdade na progressão / criação do personagem, pois o conceito de uma árvore exige requisitos para desbloquear os últimos níveis / ramificações.
A lista de forma livre fornece um maior senso de agência para o jogador, permitindo um maior número de opções. A árvore mais guiada fornece um sistema mais simples para considerar e antecipar como designer, resultando em um sistema mais fácil de equilibrar. Portanto, o resultado final é que você pode optar por um sistema potencialmente mais equilibrado em comparação com um sistema que fornece mais agenciamento.
Para responder às suas perguntas de edição:
A complexidade depende em grande parte das especificidades da implementação. No entanto, tudo o mais sendo igual, um sistema de forma livre é muito mais complexo, pois o número potencial de resultados é significativamente maior.
Sim, o uso tradicional dos dois é que as listas sejam ações atômicas (como o sistema Elder Scrolls), enquanto as árvores são usadas para "Vantagens" ou "Habilidades" para simular o foco no desenvolvimento de habilidades aprimoradas em um domínio específico. No entanto, isso dificilmente é um requisito.
Muita coisa mudou entre Morrowind e Skyrim, em grande parte devido a várias decisões complexas demais para serem atribuídas simplesmente ao "uso de um sistema de habilidades baseado em lista".