Depende do desenvolvedor do jogo. A parte demorada é criar ativos de jogos. Se você acha que é mais fácil criar esses recursos com o illustrator e o Photoshop, o 2D é mais fácil, mas se você conhece modelagem em 3D, provavelmente concorda comigo que o 3D é muito mais fácil que o 2D.
Em relação à animação, definitivamente o 3D é mais fácil, mais rápido e mais fácil de gerenciar.
Por exemplo, enquanto em 3D você pode fazer todas as animações para um personagem em poucas horas em uma cena, em 2d você precisa desenhar o personagem do zero para qualquer atividade que ele deva fazer e salvar muitos arquivos, leva dias em 2D vs. horas em 3D.
Além disso, se você mudar alguma coisa, precisará refazer tudo em 2D, mas não precisará mudar tudo, por exemplo, se decidir que seu personagem não deve ter chapéu. Você não precisa refazer toda a animação, apenas exclua o chapéu em 3D.
Se você tem personagens humanóides, existem milhares de animações gratuitas de mo-cap. Na maioria das vezes você não precisa fazer nenhuma animação para o seu jogo.
Em relação à complexidade e programação, não há diferença.
Mas você deve conhecer bem o 3D, caso contrário, pode acabar no mecanismo de jogo, sua animação é diferente do seu aplicativo 3D ou o cabeçote de seu personagem está girando na direção inversa e você não sabe como resolver o problema e outras falhas.
Além disso, você deve estar familiarizado com a modelagem de baixo poli para o jogo e como fazer texturização para o jogo, é diferente de modelagem e texturização para a animação.
Aliás Ao contrário da crença popular, o 3D exige menos hardware para dispositivos móveis.