Tentei renderizar um .png com transparência também. Com a configuração básica (mistura não ativada), ela não foi renderizada corretamente.
Eu nunca ativei a mistura, mas adicionei o seguinte:
Gdx.gl.glClear(GL20.GL_ALPHA_BITS);
Meu problema foi que o alfa nunca foi resolvido. Ou seja, se eu renderizei com 0,1 alfa, levaria 10 quadros até que o alfa fosse "empilhado" de volta para 1. A adição da chamada acima limpou o alfa, assim como você limparia a cor.
Sei que essa é uma pergunta antiga, então as soluções eram diferentes. enableBlending ainda deve funcionar, mas não tenho certeza se isso impede o "empilhamento" de alfa. Limpar os bits alfa é provavelmente a maneira mais fácil de impedir a aparência sólida.
Quanto à renderização real, é a mesma de sempre.
//Viewport, camera, logic, etc
batch.begin();
//draw your image(s) here
batch.end();