As patentes são úteis para os laboratórios quando gastam muito dinheiro encontrando soluções que precisam de muito trabalho científico: por exemplo, encontrar uma molécula eficiente para desenvolver um medicamento que trata uma determinada doença, requer trabalho, ao mesmo tempo em que torna essa molécula uma questão de Química.
Por outro lado, uma idéia de software exige apenas o trabalho para implementá-la, algo que é completamente diferente.
Em um caso, requer trabalho para encontrar uma solução, no segundo, exige trabalho para fazê-lo funcionar.
A patente protege a pesquisa que encontra coisas, NÃO as pessoas que as fazem. A proteção para quem faz coisas é chamada de direitos autorais, que é completamente diferente. Dessa forma, as patentes são muito mais raras que os direitos autorais.
O problema das patentes é o seguinte: elas são muito usadas de qualquer maneira, porque sempre haverá um debate sobre os conhecimentos necessários para validar algo que pode ser patenteado. Basta olhar para todos os números que aparecem quando você inicia o Adobe Reader: isso não impediu o Google, Foxit e outros aplicativos de escrever seu próprio conversor de PDF. Além disso, o TeX parece capaz de produzir documentos de qualidade igual, senão superior.