Se você é completamente novo em programação 3D e, especialmente, em programação COM e Windows, eu recomendaria fortemente que não aprendesse o DirectX agora. Na minha experiência, o DirectX é uma ferramenta extremamente poderosa, mas possui uma curva de aprendizado muito acentuada, que você deve considerar além das curvas de aprendizado da programação do Windows, da programação 3D e de muitas outras. Se você começar com o DirectX, poderá se sentir sobrecarregado com todos os detalhes da criação de código padrão, por isso aconselho contra isso.
Em vez disso, eu recomendaria uma API mais simples que permita que você se concentre mais em aprender sobre programação 3D. O XNA é bastante interessante e, como está no topo do DirectX, depois de migrar para o DirectX, você terá algumas idéias que facilitarão a curva de aprendizado do DirectX.
Agora, se você tem experiência em programação 3D, como no OpenGL, e sabe como fazer programação COM, recomendo o DirectX 11. Qualquer coisa, exceto a versão mais recente, é obsoleta e qualquer experiência obtida será útil para um curto período de tempo.
Mas, novamente, a verdadeira experiência vem da variedade, então eu recomendo que você aprenda o DirectX e o OpenGL, e também o XNA, se quiser, e o maior número possível de APIs. Dessa forma, você terá um conhecimento abstrato de como a programação 3D funciona com ferramentas diferentes e poderá usar a ferramenta certa para cada trabalho.