Acabei de testar isso e confirmei que este é um erro do Unity. Quando um jogo Unity em tela cheia perde o foco, ele ainda intercepta todas as entradas, portanto, todos os cliques apenas focam no jogo. (Sem fazê-lo reaparecer, estranhamente.)
Esse problema também foi observado por GG67 em um comentário sobre este relatório de bug , seguido por CLEROTH dizendo que ele não percebeu o problema no 4.5.3p1, portanto, você deve tentar atualizar e verificar se isso corrige alguma coisa.
E se a atualização para 4.5.3p1 ou posterior não resolver o problema, você deverá informar o erro seguindo este processo .