Não tive nenhum problema com o WPF no ArcGIS. A questão de escolher uma dessas tecnologias sobre a outra é a mesma de qualquer outro ambiente, seja ArcGIS ou não.
Há coisas a considerar, no entanto. Se você deseja usar o WPF como substituto dos seus formulários, definitivamente está bem. Se você deseja usar o WPF em cenários como, por exemplo, janelas de encaixe, é preciso ter mais cuidado, pois a interoperabilidade WPF / Win32 pode ter problemas sutis e impacto no desempenho. Na minha experiência, porém, estes surgem raramente, e em situações muito difíceis.
Outra coisa a considerar é se seus aplicativos são executados em ambientes como o Citrix ou são frequentemente acessados via área de trabalho remota. Nesses casos, o pipeline de desenho do WPF pode facilmente atrasar as coisas, especialmente (mas não apenas) quando você usa efeitos avançados.