Existem algumas empresas que oferecem soluções hospedadas. Alguns que vêm à mente são Arc2Cloud , GeoIQ , WeoGeo , etc. Embora alguns deles não listem isso em seus sites, você pode contatá-los e descobrir mais sobre isso.
Pessoalmente, não os usei diretamente e prefiro outra rota: usar minha própria pilha de gis na nuvem.
Você pode usar o ArcGIS Server / Geoserver / Mapserver com PostGIS ou um conjunto inteiro de outras tecnologias em qualquer uma das soluções em nuvem (por exemplo, Amazon AWS ) se desejar executar sua própria pilha.
Se você deseja protegê-lo, esqueça o fato de ser um servidor "GIS". O problema é o mesmo que proteger um servidor regular.
Colocar o site atrás da VPN é um bom conselho de Matthew, mas IMHO também é lento.
Outra coisa a considerar é que você pode configurar a maioria dos servidores GIS para trabalhar com https - para que o problema seja o problema padrão de proteger um site por https. Dependendo do servidor da web que você usa, isso pode ou não ser uma tarefa intensiva da CPU para o servidor (os servidores da Web mais recentes são impressionantes para ajustar essa escala).
É claro que outras pessoas recomendam o uso de autenticação baseada em token em canais não criptografados (como std http). Embora isso possa ser mais fácil na largura de banda, isso também significa que você estará aberto a ataques de sniffing de sessão .
Proteger um site é um problema que requer conhecimento de vários ataques e, se você estiver perguntando como "protegê-lo", provavelmente não deve fazê-lo sozinho.
Lembre-se de que você não será capaz de protegê-lo 100% (afinal, ele está conectado à Internet); você só precisa dificultar a quebra. Quão difícil é com você.