Respostas:
1) crie polígonos onde você tem um buraco. Isso pode ser feito com a ferramenta "diferença" (apenas desenhe manualmente um polígono grande em outra camada, ou faça-o com a ferramenta de buffer).
2) selecione os polígonos com menos de 200m² e mescle-os ao seu shapefile original (você pode usar a ferramenta de união).
3) use a ferramenta dissolver para reverter para um único polígono
Pesquisando um pouco no Google, conheci este plugin experimental de " toque " para o qgis, que parece ser bom para a sua tarefa. Se isso funcionar (eu não testei), isso permitirá que você converta seus furos em polígonos. Em seguida, você criaria um novo campo na tabela de atributos dos novos polígonos e calcularia sua área (com a calculadora de campos). Em seguida, você mesclaria os polígonos dos furos com o polígono original, selecionando apenas os furos com mais de 200m2. Espero que isto ajude.
1) Polígonos em linhas
2) Linhas para polígonos
3) Dissolver
4) Selecione polígonos do ponto 2) <200 m2
5) Polígonos diferenciais do ponto 3) com polígonos do ponto 4)