Essa é uma ótima pergunta. Coberturas, Shapefile e Geodatabases são fundamentalmente diferentes armazenamentos de dados geoespaciais do ponto de vista da implementação e do filosófico. Vou tentar resumir sem me aprofundar muito nisso.
1. Coberturas:
As coberturas são estruturas de dados geoespaciais interessantes . Eles se concentram no armazenamento da topologia. Então você verá que a ênfase está no armazenamento dos elementos da geometria primeiro, ou seja, nos nós, arestas que compõem todas as geometrias. Você verá um conjunto separado de tabelas que relacionam essas geometrias aos atributos (e, portanto, elas "se tornam" recursos).
Uma cobertura "limpa" garante certas regras, por exemplo, que existem nós em todas as intersecções, você não terá dois (ou mais) nós uns sobre os outros (ou mesmo a uma distância de tolerância difusa), que não há duas arestas umas sobre as outras etc. Eles também têm um senso de direção (de-> para) e podem distinguir entre o que está do lado esquerdo e direito.
As coberturas funcionam muito bem para edições que exigem conhecimento das relações topológicas (imagine editar um limite de parcela). Além disso, as coberturas são compactadas muito bem, pois removem a redundância geométrica por design. De fato, você verá que hoje em dia, formatos modernos como o TopoJSON começaram a usar as mesmas técnicas que aprendemos nas coberturas várias décadas atrás.
As coberturas podem ser um pouco mais complicadas de se trabalhar quando você está lidando com dados 3D (por exemplo, modelando uma ponte que tem um lado superior e um lado inferior logo abaixo) porque os algoritmos que usamos para lidar com eles eram inerentemente significados para matemática de gráfico planar 2D .
Então, por que nos afastamos disso? Isso exigiria uma resposta mais longa, mas talvez devêssemos explicar um pouco mais o que tornou os Shapefiles da ESRI populares primeiro.
2. Arquivos de forma ESRI:
Junto veio o Shapefile. Provavelmente a característica mais importante que possuía era o fato de ser / é uma especificação aberta que era (comparativamente) simples de implementar. Os atributos utilizaram os arquivos DBF , portanto, já havia muitas bibliotecas que implementavam grande parte das especificações. Não havia conceito de "limpo", o que significava que cada geometria individual só precisava se preocupar em se representar sem levar em consideração as geometrias ao seu redor ou que elas se cruzavam. Isso significava que não precisávamos fazer nenhuma matemática complicada para garantir que um shapefile estivesse correto (ao contrário do equivalente na cobertura).
Tem várias geometrias que se cruzam? Claro, por que não. Dois pontos um em cima do outro? Seja meu convidado.
Às vezes, o formato (melhor) (sem dúvida) "não" é o que vence, mas o que é adotado. Se um formato é fácil de implementar, ele tem melhores chances de ser adotado do que um formato complicado. Esse foi o Shapefile.
De repente, você tinha várias bibliotecas (de código aberto e proprietárias) e fornecedores de software que a apoiavam. Então tudo foi ótimo.
A questão óbvia é então - por que Geodatabases?
3. Banco de dados geográficos:
Acredito que os geodatabases são um dos repositórios de dados geoespaciais mais incompreendidos. As pessoas geralmente pensam neles apenas como "um formato geoespacial". Há alguns anos, alguém perguntou "O que são os geodatabases da ESRI?" . Em vez de repetir qual era a minha resposta então, desejo que você leia isso primeiro. Eu vou esperar :)
Agora que você leu a resposta e sabe o que é um Geodatabase, eu posso expandir um pouco mais sobre essa resposta. Na época, havia muita pesquisa otimizando o SQL e otimizadores de consulta de escrita que alavancavam índices, armazenamentos de colunas etc. (ainda existe). Ao criar o Geodatabase no topo de um armazenamento de dados SQL, podemos aproveitar toda essa pesquisa gratuitamente. Nós precisamos apenas nos concentrar nos conceitos geoespaciais e, à medida que os repositórios de dados SQL melhoram, o Geodatabase também melhora gratuitamente . Não é uma proposição ruim, hein?
Atualmente, existem várias especificações para dados geoespaciais que são lançados. O júri ainda está por aí sobre o que substituirá essas tecnologias (se houver). No entanto, se você estiver interessado neste tópico, recomendo ler a resposta para as perguntas feitas aqui no GIS.SE há alguns anos: "Existe alguma tentativa de substituir o arquivo de formas"
Eu espero que isso ajude!