Crie um mapa interativo, manualmente, usando o Flash, e incorpore-o ao PDF.
Para fazer isso, primeiro extraia cada camada como uma imagem, garantindo que você use um formato de imagem que permita cores transparentes (neste caso, PNG). Em seguida, combine essas camadas no Flash na ordem correta, crie sua própria funcionalidade de zoom / panorâmica e adicione manualmente pontos ao mapa para indicar que existe uma imagem nesse local. Por fim, crie um mecanismo de visualização de imagens para que, quando um usuário clicar em um ícone no mapa, a imagem apropriada seja exibida.
Para inserir o mapa em um PDF, primeiro publique seu aplicativo Flash. Abra o Adobe Acrobat e clique no botão Adicionar filme (se parece com uma tira de filme) enquanto estiver em uma página em branco, localize o arquivo SWF que você criou e selecione-o. Salve o PDF e seus usuários agora poderão ver o mapa dentro do documento.
Essa é a solução que eu encontrei, mas não aceitarei isso como resposta, pois ainda não parece certo; além disso, é entediante fazer todo o processamento e programação manualmente, em vez de ter uma solução GIS real para esse problema.