Se você já possui dados visuais, como um mapa base, e apenas precisa selecionar recursos, o WFS funcionaria muito bem para isso. Embora, se você precisar de um componente visual para acompanhar sua seleção, seria melhor atendido por um serviço WMS, pois ele foi criado para isso.
Apesar de ouvir seu caso de uso como você o descreveu, eu pessoalmente usaria apenas um serviço WMS.
Além disso, o Blog do GeoServer é uma excelente descrição dos dois serviços e quando você deve aproveitá-los.
Edit: Em uma nota adicional, se você estiver fazendo algo além de simplesmente consultar os dados do recurso, como regra geral, apenas uso o WFS, ele se destaca quando se trata de manipulação de dados em comparação com outros serviços OGC que usei recentemente. Além disso, leve isso com um pouco de sal, foi exatamente o que eu experimentei no uso dos serviços, e é por isso que anexei os links anteriores e seguintes.
Padrões OGC:
WMS
WFS