Apenas uma pequena adição: se você quiser alterar o CRS do arquivo exportado e adicionar mais prefixos e sufixos, poderá alterar o script da seguinte forma:
from qgis.core import *
import os
pathToFile = "S:\\pathway\\"
trs = QgsCoordinateReferenceSystem()
trs.createFromId(31370)
suffix = "_Lambert1972_Versie2016-01-04"
prefix = "Transect_Vuursalamander_"
layers = iface.legendInterface().layers()
for layer in layers:
newName = prefix + layer.name() + suffix + ".shp"
ret = QgsVectorFileWriter.writeAsVectorFormat(layer,pathToFile + newName,'utf-8',trs,'ESRI Shapefile')
if ret == QgsVectorFileWriter.NoError:
print newName + " saved to " + pathToFile + "!"
O 31370 pode ser substituído pelo EPSG do CRS em que você deseja que o arquivo exportado esteja.