Este tópico foi apresentado aqui: Criar Shapefile com chave primária de incremento automático no QGIS
Minhas sugestões seriam:
1) Os bancos de dados SQLITE / SpatialLite oferecem suporte ao incremento automático em um campo definido como INTEGER PRIMARY KEY:
Em um INSERT, se a coluna ROWID ou INTEGER PRIMARY KEY não receber explicitamente um valor, ela será preenchida automaticamente com um número inteiro não utilizado, geralmente o número maior que o maior ROWID atualmente em uso. Isso ocorre independentemente de a palavra-chave AUTOINCREMENT ser usada ou não.
Cada vez que você editar / criar polígonos, poderá preencher seus atributos, e o SQLITE fornecerá um valor único incremental no campo que você definiu para o tipo INTEGER PRIMARY KEY.
Quando você estiver pronto para exportar para GEOJSON, estará pronto com seus IDs ÚNICOS.
2) Se estiver usando Shapefiles, crie um campo OBJECTID do tipo INTEGER e use uma expressão de calculadora de campo para preencher esse campo toda vez que você editar / criar polígonos e precisar exportá-los. Você perderá o ID original que um polígono já teve, mas essa é a única maneira de conseguir isso usando .SHP. (Terei que encontrar a expressão da calculadora de campo).
O PostGIS é outra fonte de dados que você pode querer explorar, embora seja mais pesado do que o SQLITE, você pode encontrar valor nesse sistema à medida que avança ...