O Numpy é instalado por padrão no QGIS (versão autônoma, versão OSGeo4W). Para o rasterio , há muitos problemas. Eu sei que o rasterio é poderoso e fácil de usar (eu o uso), mas por que o rasterio em um plug-in QGIS enquanto você tem todas as funções do PyQGIS? (foi projetado para o shell Python ou para scripts, não para ser usado com QGIS / PyQGIS, como Fiona para os shapefiles)
No Linux ou Mac OS X (sistemas Unix), o QGIS usa a instalação padrão do Python (independente do QGIS) e se é fácil instalar ou atualizar um módulo Python (também existem muitos compiladores instalados por padrão)
No Windows, o Python não é instalado por padrão e o QGIS instala sua própria versão. Para instalar módulos Python puros (sem bibliotecas C, C ++), você tem soluções ( QGIS Standalone e os módulos Python , Instalando as ferramentas de instalação do Python no OSGeo4W Python ou Instalando o PySAL para OSGeo4W )
Mas para os módulos que precisam ser compilados (sem compilador por padrão), não é fácil. Você pode tentar copiar / colar seu módulo instalado no site_folder do QGIS Python, mas há problemas.
O Rasterio precisa ser compilado em uma biblioteca GDAL instalada e, se você o instalar nos binários não oficiais do Windows Christoph Gohlke para pacotes de extensão Python , por exemplo, não tenho certeza de que a versão do GDAL usada pelo QGIS seja a mesma (para as referências ao bibliotecas dll)
Se você usa exclusivamente numpy e rasterio, por que não um script independente?
python -m pip install wheel setuptools c:\path\to\rasterio-<ver>-win_amd64.whl