A resposta simples é não. Você está certo ao adicionar várias camadas referenciando o mesmo recurso GIS. Além disso, se você tiver a 2 camada resultante em uma camada de grupo, poderá controlá-las como se elas fossem únicas para algumas coisas. Esse é o fluxo de trabalho que sempre usei e que também uso para a geração do Map Services, pois permite um controle muito maior das camadas.
Observando os comentários As Representações Cartográficas também exigirão a mesma metodologia, pois é um campo real no geodatabase que você está usando para a simbologia. Portanto, se você tiver uma simbologia diferente para o mesmo recurso em uma escala diferente, estará alterando o campo para o qual a representação aponta.
Se isso é muito importante para você, sugiro que você vá para http://ideas.arcgis.com, se ainda não estiver lá. Se for votado, poderá ser lançado posteriormente.