Como você afirma, você pode fazer isso no software de processamento de imagens, mas se quiser fazê-lo no QGIS para obter um fluxo de trabalho tranquilo (talvez usando um script ou criando um Modelo de processamento), poderá inverter suas imagens usando a função Grass r.flip . No entanto, como está no Grass 7, você precisará instalá-lo, pois ainda não é padrão no QGIS.
Além disso, existe a ferramenta de orientação de grade da SAGA , que oferece opções de inversão, espelho e inversão. A documentação parece escassa para isso, mas um experimento rápido mostra que 'flip' inverte a imagem verticalmente, 'mirror' inverte a imagem horizontalmente, mas invert faz um 'negativo' da imagem (então não é o que você deseja, eu suspeito - mas inverter e espelho parecem promissores para o seu uso).
EDITAR (re comentários):
para espelhar, girar ou de outra forma 'dados em folha de borracha', você precisa de ferramentas afins. O QGIS possui várias ferramentas para isso. Existem alguns plugins (' Affine' e ' Vector Bender') e o Grass possui v.transform. Você precisa calcular sua matriz de transformação para Affine ou v.transform. Veja este post para o primeiro. Como alternativa, se você está familiarizado com rasters de borracha (e com preguiça de calcular matrizes de transformação), use o Vector Benderplug-in - embora eu ache que seria mais difícil calcular suas linhas de espelho para esse caso de uso específico (caso contrário, é brilhante).
Usando o plugin Affine e uma matriz de transformação de
1,0,0
0, -1,0
Recebo o seguinte (azul = antes, amarelo = depois):

A matriz aqui está realmente girando sobre o eixo Y, portanto, você precisará de uma transformação lateral igual à extensão norte-sul dos seus dados para virar 'no lugar'. Portanto, no meu caso, minha matriz real baseada nesse shapefile em particular seria
1,0,0
0, -1,964530.15
(ou seja, estou girando para baixo no eixo Y e depois mudando os dados de volta)
EDIT # 2 (uma reflexão tardia):
se você estiver executando um processo em lote, poderá obter a extensão do GDAL com bastante facilidade e automatizar a criação da matriz de transformação. No entanto, se você estiver executando um processo semi-manual, no seu caso de uso, poderá simplificar as coisas unindo um polígono de caixa delimitadora simples com os dados de cada camada. Dessa forma, sua matriz de transformação sempre será a mesma que a extensão total de seus dados sempre estará dentro da sua caixa delimitadora, independentemente do que você realmente digitalize na camada.