Muito obrigado a @whuber pela resposta inicial. pensei que eu deveria enviar os resultados de mim fazendo o mesmo ...
Quanto vale a forma particular de MDS que eu usei é algo chamado t-SNE (também conhecido como 'stochastic Neihbor Embedding' ) para obter as seguintes imagens.
Aqui está uma imagem de todas as cidades em ordem - no eixo esquerdo é o local 1-d real dessa cidade e as cidades organizadas em ordem de cima para baixo, da esquerda para a direita nesse eixo. Color = country
Aqui está outra foto em que eu peguei a linha das cidades, mas a plotei no mapa do mundo. Acho que esse problema se reduz a algo bem próximo do problema do vendedor ambulante - mas com a diferença de que não é apenas uma ordenação de cidades, mas um mapeamento de cidades para uma linha 1-d ...

Se alguém quiser usar todos os dados ou metodologia de saída aqui, envie uma mensagem.
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EDITAR:
Em resposta ao comentário do @ whuber ..
Sim, você está certo ao enfatizar a distância local (ou seja, as distâncias locais de vizinhos imediatos devem estar o mais próximo possível das distâncias reais no mapa do mundo). O problema do MDS se reduz ao problema do vendedor ambulante. No entanto, se você enfatizar a otimização (ou correspondência) de distâncias em um intervalo mais amplo / moderado, poderá obter resultados diferentes. Por exemplo, aqui está o que o algoritmo t-sne fornece quando você usa um valor mais alto para 'perplexidade':