A elevação acima do elipsóide (altura elipsoidal) é a elevação acima de um modelo matemático que se aproxima da forma da Terra. O atual mais comum é o WGS84. Estas são as elevações que você obteria de um GPS.
As alturas ortométricas são medidas acima da superfície geóide ou equipotencial, ou seja, a superfície de igual gravidade. MSL é "nível médio do mar", que deve aproximar-se aproximadamente da superfície equipotencial, mas obviamente não pode ser medido diretamente no interior.
Ao contrário do elipsóide, o geóide não pode ser representado por uma funçãoé complicado (consulte o comentário de 2NinerRomeo), portanto, as conversões precisam usar uma varredura de deslocamento de grade para encontrar a separação elipsoidal em qualquer local. O NRCAN tem uma página decente descrevendo essas coisas .
Se você tiver alturas ortopédicas (por exemplo, MSL), precisará transformá-las usando o arquivo de deslocamento de grade apropriado.