Respostas:
Isso deve servir:
QgsProject.instance().writeEntry(plugin_name, property, value)
Então você só precisa salvar o projeto.
A leitura é realizada com uma das seguintes funções:
readEntry (plugin_name, property)
readNumEntry (plugin_name, property)
readDoubleEntry (plugin_name, property)
readBoolEntry (plugin_name, property)