Você pode exportar suas cenas para um software especializado de modelagem / visualização em 3D. Isso é o que eu costumo fazer porque os visualizadores em 3D da maioria dos GISs são um pouco limitados (EDIT: na verdade, eu esqueci que o ERDAS Imagine também usa estéreo, mas eu não o uso há anos, por isso não me lembro se é apenas anaglyph).
EXPANDIDO (conforme solicitação do Chade):
você precisa implementar um pipeline de modelagem. Isso pode ser mais ou menos complicado, dependendo de suas necessidades e do software disponível. Uma abordagem MUITO simples (simplista?) É converter seu terreno em um formato de modelagem comum. GRASS, ArcGIS, ERDAS Imagine e GDAL (acho) exportam para VRML / X3D. A Landserf exportará para Terragen. Para o ArcGIS, você precisa do plug-in 3D Analyst. Você pode adicionar outros elementos (por exemplo, árvores) preenchendo um polígono com pontos (no ArcGIS, você pode usar as Ferramentas do Hawth, O ERDAS possui uma ferramenta embutida, acho que o GRASS tem algo semelhante e você deve poder codificar algo no GDAL / OGR). Converta os pontos em 3D (interpole o DTM) e instancie seu modelo de árvore em cada ponto. Os edifícios podem ser feitos de maneira semelhante (mas observe a orientação) se você tiver um modelo de casa ou extrudar dos polígonos da pegada de construção. A exportação VRML deve respeitar suas texturas (pelo menos no ArcGIS).
Também criei um pipeline codificando uma conversão de dados GIS para o formato de modelo proprietário do meu pacote de modelagem 3D usando a API do pacote de modelagem para chamar GDAL / OGR, mas essa é a maneira menos simples.
Como alternativa, use algo como o World Construction Set para criar sua paisagem 3D sem a necessidade de programar seu próprio pipeline ou fazer a dança de exportação VRML um pouco desagradável.
Depois de ter seu modelo, você poderá usar qualquer pacote que possa mostrá-lo em 3D (possivelmente com uma conversão adicional, se necessário). Existem muitos espectadores / modeladores, etc. disponíveis; alguns grátis outros não. Dê uma olhada aqui para a opção: http://www.stereo3d.com/applications.htm
Muitos pacotes 3D têm suporte para 3D agora, confira Blender, Maya e 3DS Max (?). Em qualquer pacote 3D (incluindo VRML), se você deseja estéreo, é possível criar duas câmeras próximas umas às outras, o que pode efetivamente fornecer estéreo se você tiver um kit estéreo ativo conectado à sua máquina.
... e enquanto estiver no seu pacote de modelagem 3D, aproveite a oportunidade para melhorar a texturização e a iluminação do seu modelo. Na minha experiência, as extensões 3D GIS fazem isso de forma grosseira (exceto no WCS)!