Como obter o segundo vizinho mais próximo entre dois padrões de pontos em R?

Existe uma maneira de obter as distâncias para o segundo vizinho mais próximo entre dois padrões de pontos em R? O pacote spatstat tem uma função chamada nncross, mas só se aplica aos vizinhos mais próximos entre dois padrões e eu preciso das distâncias para os segundos vizinhos mais próximos.

r spatstat

— RK
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Respostas:

A função get.knnx no pacote FNN pode calcular os vizinhos N mais próximos em padrões de pontos.

x1 = cbind(runif(10),runif(10))
x2 = cbind(runif(10),runif(10))
nn = get.knnx(x1,x2,2)

agora nn $ nn.index é uma matriz tal que nn $ nn.index [i, j] é a linha em x1 dos dois vizinhos mais próximos da linha i em x2 - classificada de modo que o mais próximo seja [i, 1] e o próximo vizinho é [i, 2].

A função também retorna as distâncias para você e possui algumas opções para calcular índices espaciais para pesquisas muito rápidas.

— Spacedman
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Obrigado. No entanto, tive um pouco de problema. Meus dados são da classe 'ppp' (para uso com spatstat). Ao conectá-lo ao get.knnw, recebo o seguinte erro> Erro no get.knnx (rp, ponderosa, 2): as listas devem ser duplicadas em .C

— RK

Basta obter as coordenadas usando as.data.frame no seu objeto ppp.

— Spacedman

Nndist e nnwhich também estão disponíveis para esta tarefa? Só notei essas duas funções na lista r-sig-geo hoje ...

— Roman Luštrik

nndist e nnque apenas calculam as distâncias mais próximas dentro de um único padrão de pontos (que é o que get.knn faz), não de um tipo de pontos para outro tipo de pontos (que é o que get.knnx faz). Além disso, get.knn é duas vezes mais rápido que nndist se você usar o algoritmo = "kd_tree".

— precisa saber é o seguinte

@Spacedman Entendi. Obrigado cara. Acabei de ver crossdist. Parece funcionar como get.knnx. Vai tentar também. Acabei usando cbind e obtendo as coordenadas X e Y antes de ler seu comentário. Muito obrigado. R novato aqui. Principalmente um cara Python.

— RK 28/01

Acabei de descobrir que Spatstat tem uma função crossdist .

Descrição

Calcula as distâncias entre pares de 'itens' obtidos de dois conjuntos de dados diferentes.

Ele usa dois padrões de pontos X e Y como entradas e retorna a matriz cuja entrada [i, j] é a distância de X [i] a Y [j]. Para obter os segundos vizinhos mais próximos usando crossdist:

xdistances <- crossdist(X, Y)  #Get all cross distances    

nn = numeric() 
for (i in 1:nrow(X)) {   
  xdistance <- sort(xdistances[i,], partial=2)[2]   
  nn <- append(nn, xdistance)
}

Sei que já aceitei a resposta de Spacedman, mas gostaria de compartilhar como fiz de outra maneira.

— RK
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A função nndistno spatstatpacote possui um argumento kque determina a ordem dos vizinhos. Para obter a segunda distância do vizinho mais próximo, use k=2. Para obter o primeiro e o segundo vizinhos, use k=1:2.

— Adrian Baddeley
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