O QGIS está realmente chegando e quase chegou a um ponto em que acho que poderia viver completamente sem o ArcGIS (se eu adicionar um pouco de script no GDAL / OGR mais PostGIS etc.). No entanto, o ArcGIS não pode ser considerado um pacote único. É mais uma escala móvel à medida que você sobe nas fileiras do Arcview / ArcEditor / ArcInfo. Depois, existem os módulos de extensão adicionais. Tudo depende do que você pode pagar ou do que sua organização decidiu comprar em comparação com o que você precisa. Portanto, não pode haver uma única resposta para sua pergunta. Em termos MUITO CRUDOS (e ignorando combinações especializadas de extensões do ArcGIS, como Spatial Analyst, 3D Analysts, Military Analyst etc.), eu sugeriria uma escala semelhante a esta:
ArcView -> ArcEditor -> QGIS -> ArcInfo
Mas mesmo isso realmente não oferece uma comparação verdadeira, porque, por exemplo, se a instalação do ArcGIS não possui a Spatial Analyst Extension e você deseja fazer uma análise raster, obviamente o QGIS deve ser a preferência.
Assim que você for além do GIS, se você jogar algum dinheiro na ESRI, provavelmente será capaz de tornar a maioria das versões do ArcGIS rival ou superar o QGIS ... mas se você se sentir confortável com o mundo do software livre, provavelmente poderá estender o QGIS com um plug-in, use alguma outra solução FOSS ou crie sua própria em C #, Python ou qualquer outra coisa. Neste ponto, o ArcGIS vence por conveniência, mesmo que não por funcionalidade.
Quanto à velocidade, as ESRI alegam grandes aumentos de velocidade na v10. Não notei nada que me empolgasse até agora e estou usando a v10 desde que foi lançada e atualizei para a 10.1. Empiricamente, acho as funções GDAL / OGR escritas em Python mais rapidamente e, como o QGIS é construído parcialmente sobre essa funcionalidade, você obtém conveniência e velocidade.
Por fim, se você estiver contratando e quiser profissionais GIS "plug-and-play", obterá uma resposta melhor ao seu anúncio de emprego se sua organização usar o ArcGIS do que se você usar o QGIS.
"Você paga seu dinheiro e faz sua escolha" :)