Para ser sincero, parece que o SAGA depende muito de outros projetos OpenSource para a funcionalidade de processamento (por exemplo, GRASS, gdal, proj.4, etc.)
Pode ser muito mais simples instalar o QGIS Desktop GIS e, em seguida, escrever um plug-in (s) QGIS Python para fazer o que você gostaria de fazer. Você provavelmente teria acesso programático a grande parte da funcionalidade disponível no SAGA.
Em uma nota lateral, mesmo que o SAGA seja licenciado sob a GPL, eu não acho que você teria problemas legais ao escrever um script que combinasse o código ESRI e SAGA, mas poderia haver problemas com a publicação do código no ArcScripts.