Instalei o QGIS 2.16 e notei que a Mesclagem (Menu Vetor> Gerenciamento de Dados) não parece mais ter uma opção de Pasta. Essa foi a opção que permitiu processar / mesclar uma pasta completa sem precisar carregar camadas no seu projeto / espaço de trabalho primeiro. Examinei o changelog do QGIS 2.16 - embora o fTools tenha sido substituído pelas ferramentas de processamento, não vejo por que a funcionalidade extra foi removida.