Respostas:
Sextante é uma biblioteca de geoprocessamento que pode ser usada em vários aplicativos GIS. Eu recomendo que você o use do gvSIG, pois acho que ele tem a melhor integração. O Sextante também permite (se você o configurar corretamente) usar algoritmos do SAGA e GRASS.
Aqui você pode ver um vídeo que mostra como o modelador funciona .
Atualização: A partir de março, o qgis também possui um plugin Sextante que funciona muito bem.
O GRASS possui um construtor de modelos que funciona muito bem (não sabe como ele se compara ao Arc *).
Victor Olaya, desenvolvedor do Sextante, está atualmente trabalhando no Sextante para o QGIS . Seu trabalho está em andamento e ainda não está pronto para uso em produção, portanto, use com cuidado. Você pode assistir a uma breve demonstração do construtor de modelos Sextante aqui: http://www.youtube.com/watch?v=LTUu-I2ouqU
Atualização de novembro de 2012 : O Sextante para QGIS está se desenvolvendo muito bem, como você pode ver, por exemplo. neste novo estudo de caso: http://www.qgis.org/en/community/qgis-case-studies/pinhel-portugal.html
Atualização em janeiro de 2016 : O Sextante agora é um plug-in principal nas versões recentes do QGIS e é chamado de Processing. Verifique mais informações sobre no QGIS Users Manual - QGIS framework framework . Você também pode obter informações sobre como usar o Graphical Modeler aqui .
Fico feliz em informar que atualmente estamos trabalhando no SEXTANTE para QGIS. Ele deve estar pronto em breve e incluirá o modelador, que é o que você está solicitando.
Você também pode considerar alguns scripts básicos do Python para executar vários comandos em série.