Respostas:
pro.qgs ~ é uma cópia de backup do pro.qgs. Consulte: Ao salvar um arquivo .qgs no QGIS, outro aparece. Isso é um backup?
Se o arquivo do seu projeto for corrompido por qualquer motivo, você pode simplesmente renomear pro.qgs ~ para pro.qgs e continuar trabalhando a partir daí.
Como o arquivo .qgs original, você pode abri-lo com um editor de texto.
Por que você deseja impedir a criação de um arquivo de backup?