Estou usando agora o QGIS 2.18, que inclui suporte para o formato GeoPackage.
Eu sei que o GeoPackage é como um substituto para o Shapefile, mas não tanto, pois o GeoPackage possui recursos de banco de dados. Ao mesmo tempo, o GeoPackage não é um substituto completo do SpatiaLite, porque não possui consultas e funções espaciais. Além disso, o Spatialite suporta o GeoPackage.
Portanto, no contexto da edição do QGIS, quando faz sentido usar o GeoPackage (e acessar o GeoPackage do SpatiaLite para tarefas SQL espaciais) e quando é melhor usar apenas o Spatialite?