Um dos motivos é que os espaços têm um significado especial em várias linguagens de programação / script.
Criar o hábito de nomear arquivos e pastas com sublinhados é uma boa prática, pois os "" (espaços) não serão tratados como uma nova linha por alguns idiomas.
Exemplo - Uma pasta chamada "Dados GIS" é um nome de pasta incorreto. Isso porque se eu tentar acessá-lo com um script ou alguma linguagem de programação, tenho que tratar os espaços com cuidado especial.
Se eu não disser que os espaços são de fato espaços e não novas linhas, ele tentará acessar "GIS" e "Dados" como pastas separadas, mas não são.
No Unix bash, na linha de comando, posso usar o comando ls para listar os arquivos e pastas em um determinado diretório.
ls GIS Data
Resultado:
ls: GIS: No such file or directory
ls: Data: No such file or directory
Erro!
Agora eu tenho que usar barras invertidas '\' ou aspas '' para impedir que os espaços sejam tratados como novas linhas!
ls '1 2 3' or ls 1\ 2\ 3
Os dois comandos acima agora tratam os espaços como espaços.
Várias ferramentas de geoprocessamento do ArcGIS não gostam de espaços nos nomes de arquivos ou pastas em QUALQUER parte do caminho para a fonte de dados. Eles geralmente falham com algum tipo de erro genérico 99999.