Presumo que você tenha vários recursos com o mesmo ID e não seja multiponto real. Se necessário, também há uma solução com multiponto real, me avise.
Você pode adicionar um campo inteiro ao seu shapefile que você preenche com 1 se desejar exibir o rótulo para esses recursos e 0 para outros.
Em seguida, no renderizador do rótulo, use a propriedade definida por dados para mostrar ou não os rótulos.
EDIT:
Responder por @Kazuhito me deu uma idéia para ir mais longe.
Você também pode adicionar dois campos (x_lbl e y_lbl, por exemplo) e usá-los para obter um controle total sobre o posicionamento do seu rótulo, usando propriedades definidas pelos dados para o posicionamento do rótulo. Preencha esses campos com as coordenadas em que você precisa da sua etiqueta. Você pode modificar facilmente o local a partir da interface QGIS. Procure estes botões: