O QGIS 2.x nunca teve a opção de exportar como um pdf em camadas. Em vez disso, havia uma solução alternativa complicada, envolvendo a exportação como um svg, a importação para o Scribus e a adição manual de recursos individuais em camadas separadas. Tudo o que é abordado nesta pergunta: O QGIS pode preservar camadas ao exportar para PDF?
Existe uma maneira mais eficiente de criar um pdf em camadas no QGIS 3.0?