Sim, você pode ativar as ferramentas de digitalização avançadas durante a edição. Quando ativada, há uma função ativa que encaixa os vértices selecionados no ângulo comum mais próximo. Você pode abrir as ferramentas avançadas na barra de menus:
View > Panels > Advanced Digitizing Panel
Clique no ícone mais à esquerda para garantir que seja ativado e defina o ângulo de snap comum:

Em seguida, use a ferramenta Nó (ou a ferramenta Vertex, se estiver usando o QGIS 3.0), selecione os vértices e mova o cursor verticalmente, mantendo-se próximo ao ângulo de 90 graus:

Você pode fazer o mesmo horizontalmente:

Nota: a camada deve estar em um CRS projetado para poder usar a Advanced Digitizing Tool .
Testado no QGIS 3.0 para Win7 de 64 bits.