Não testado, mas você pode usar um CRS projetado para criar sua grade e, em seguida, desprojetar o arquivo shapefile resultante para a latitude / longitude geográfica. Isso distorcerá os hexágonos.
Na minha parte do mundo (cerca de 1 ° W, 51 ° N), 50 metros no chão são aproximadamente equivalentes a 0,0004530 de um grau de latitude. 50 metros no chão também é aproximadamente equivalente a 0,0007170 de um grau de longitude. Usando esses valores com o plug-in mmqgis, foi possível criar uma forma de grade hexagonal WGS84 lat / lon.
A imagem em anexo mostra essa grade, em uma imagem de mapa projetada que está distorcida de maneira grave, como consequência de ser reprojetada em tempo real para o EPSG: 4326.
Mas eu não confiava em uma grade tão longe quanto poderia jogá-la. Pelo que vale a pena, minha sugestão seria que, se possível, você alterasse o CRS do projeto para um projetado e use o plug-in mmqgis para criar sua grade hexagonal usando unidades de distância.
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