Execute o I de Anselin Local Moran contra os pontos e jogue fora qualquer coisa com um z-score abaixo de -1,96. Esse é um método estatístico para localizar outliers espaciais. Você deve garantir que todos os pontos tenham um valor relacionado à sua posição espacial para fazer isso.
Mas, ao verificar as ferramentas na 10.1 após o comentário do whuber, percebo que, se você usa o ArcGIS 10.1, a ferramenta de análise de agrupamento está disponível, que é realmente o que você deseja fazer.
Eu acho que você gostaria de fazer uma análise de agrupamento com uma restrição espacial da Triangulação de Delaunay. O obstáculo aqui é que você precisa ter um número de grupos de particionamento igual ou maior que o número de grupos desconectados (se algum dos outliers forem vizinhos naturais um do outro). Caso contrário, os outliers sem vizinhos naturais não criarão nenhum grupo na análise de agrupamento.
Com base nisso, acho que a triangulação de Delauney pode ser a fonte de um algoritmo de filtro, mas ainda não tenho certeza.
Outra atualização: depois de cavar o Partition.py, o script que executa a ferramenta de análise de agrupamento, acho que é possível usar o algoritmo lá para grupos desconectados combinados com a parte NoNeighbors, embora esteja tendo problemas para cavar essa parte do roteiro.