Maneira correta de vincular SpatialPolygonsDataFrames com IDs de polígono idênticos?

Qual é o idioma R adequado para vincular SPDFs juntos quando os IDs se sobrepõem? Observe que aqui (como costuma ser o caso) os IDs são basicamente sem sentido, por isso é muito irritante que eu não possa fazer o rbind ignorá-los ...

library(sp)
library(UScensus2000)
library(UScensus2000tract)

data(state) # for state names
states <- gsub( " ", "_", tolower(state.name) )
datanames <- paste(states,"tract", sep=".")
data( list=datanames )
lst <- lapply(datanames,get)

nation <- do.call( rbind, lst )
Error in validObject(res) : 
  invalid class “SpatialPolygons” object: non-unique Polygons ID slot values

# This non-exported function designed to solve this doesn't seem to work any more.
d <- sp:::makeUniqueIDs( list(arizona.tract,delaware.tract) )
Error in slot(i, "ID") : 
  no slot of name "ID" for this object of class "SpatialPolygonsDataFrame"

IDs, slots e funções do tipo aplicar. Minhas três principais coisas menos favoritas que são absolutamente essenciais para tudo o que faço. Eu pensei em responder apenas para gerar mais conteúdo sobre esse tópico.

O código abaixo funciona, mas mantém os valores de ID "inúteis". Um código melhor levaria tempo para analisar as coisas, para que todos os setores tivessem o FIPS do estado, o FIPS do condado e o FIPS do trato como seu ID. Apenas mais algumas linhas para que isso aconteça, mas como você não se importa com IDs, deixaremos de fora por enquanto.

#Your Original Code
library(sp)
library(UScensus2000)
library(UScensus2000tract)

data(state) # for state names
states <- gsub( " ", "_", tolower(state.name) )
datanames <- paste(states,"tract", sep=".")
data( list=datanames )
lst <- lapply(datanames,get)

#All good up to here, but we need to create unique ID's before rbind

#Modified from Roger Bivand's response at:
# https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2007-October/002701.html

#For posterity: We can access the ID in two ways:
class(alaska.tract)
getSlots(class(alaska.tract))
class(slot(alaska.tract, "polygons")[[1]])
getSlots(class(slot(alaska.tract, "polygons")[[1]]))

#So to get all ID's
sapply(slot(alaska.tract, "polygons"), function(x) slot(x, "ID"))
#or
rownames(as(alaska.tract, "data.frame"))
#These should be the same, but they are quite different...sigh. Doesn't matter for
#what follows though

#To make them uniform we can write a function using the spChFIDs function from sp:
makeUniform<-function(SPDF){
  pref<-substitute(SPDF)  #just putting the file name in front.
  newSPDF<-spChFIDs(SPDF,as.character(paste(pref,rownames(as(SPDF,"data.frame")),sep="_")))
  return(newSPDF)
}

#now to do this for all of our state files
newIDs<-lapply(lst,function(x) makeUniform(x))

#back to your code...
nation <- do.call( rbind, newIDs )

Esta é uma abordagem ainda mais simples:

x <- rbind(x1, x2, x3, makeUniqueIDs = TRUE)  

Tudo bem, aqui está a minha solução. Sugestões são bem-vindas. Provavelmente vou enviar isso como um patch parasp menos que alguém veja alguma omissão flagrante.

#' Get sp feature IDs
#' @aliases IDs IDs.default IDs.SpatialPolygonsDataFrame
#' @param x The object to get the IDs from
#' @param \dots Pass-alongs
#' @rdname IDs
IDs <- function(x,...) {
  UseMethod("IDs",x)
}
#' @method IDs default
#' @S3method IDs default
#' @rdname IDs
IDs.default <- function(x,...) {
  stop("Currently only SpatialPolygonsDataFrames are supported.")
}
#' @method IDs SpatialPolygonsDataFrame
#' @S3method IDs SpatialPolygonsDataFrame
#' @rdname IDs
IDs.SpatialPolygonsDataFrame <- function(x,...) {
  vapply(slot(x, "polygons"), function(x) slot(x, "ID"), "")
}

#' Assign sp feature IDs
#' @aliases IDs<- IDs.default<-
#' @param x The object to assign to
#' @param value The character vector to assign to the IDs
#' @rdname IDs<-
"IDs<-" <- function( x, value ) {
  UseMethod("IDs<-",x)
}
#' @method IDs<- SpatialPolygonsDataFrame
#' @S3method IDs<- SpatialPolygonsDataFrame
#' @rdname IDs<-
"IDs<-.SpatialPolygonsDataFrame" <- function( x, value) {
  spChFIDs(x,value)
}

#' rbind SpatialPolygonsDataFrames together, fixing IDs if duplicated
#' @param \dots SpatialPolygonsDataFrame(s) to rbind together
#' @param fix.duplicated.IDs Whether to de-duplicate polygon IDs or not
#' @return SpatialPolygonsDataFrame
#' @author Ari B. Friedman, with key functionality by csfowler on StackExchange
#' @method rbind.SpatialPolygonsDataFrame
#' @export rbind.SpatialPolygonsDataFrame
rbind.SpatialPolygonsDataFrame <- function(..., fix.duplicated.IDs=TRUE) {
  dots <- as.list(substitute(list(...)))[-1L]
  dots_names <- as.character(dots) # store names of objects passed in to ... so that we can use them to create unique IDs later on
  dots <- lapply(dots,eval)
  names(dots) <- NULL
  # Check IDs for duplicates and fix if indicated
  IDs_list <- lapply(dots,IDs)
  dups.sel <- duplicated(unlist(IDs_list))
  if( any(dups.sel) ) {
    if(fix.duplicated.IDs) {
      dups <- unique(unlist(IDs_list)[dups.sel])
      # Function that takes a SPDF, a string to prepend to the badID, and a character vector of bad IDs
      fixIDs <- function( x, prefix, badIDs ) {
        sel <-  IDs(x) %in% badIDs
        IDs(x)[sel] <- paste( prefix, IDs(x)[sel], sep="." )
        x
      }
      dots <- mapply(FUN=fixIDs , dots, dots_names, MoreArgs=list(badIDs=dups) )
    } else {
      stop("There are duplicated IDs, and fix.duplicated.IDs is not TRUE.")
    }
  }
  # One call to bind them all
  pl = do.call("rbind", lapply(dots, function(x) as(x, "SpatialPolygons")))
  df = do.call("rbind", lapply(dots, function(x) x@data))
  SpatialPolygonsDataFrame(pl, df)
}

Apreciei os detalhes de outras respostas aqui e, com base nelas, a única linha que encontrei está abaixo. Como o OP, não me importo muito com o significado do ID, mas o seguinte também pode ser adaptado para incorporar um ID mais informativo.

lst <- lapply(1:length(lst), function(i) spChFIDs(lst[[i]], paste0(as.character(i), '.', 1:length(lst[[i]]))))