Digamos que Raster1 esteja correto e Raster2 seja o que você suspeita que tenha falhas.
Eles também estão nas mesmas unidades (desde que você diga que os dois rasters são DEMs, o valor de z deve estar em metros - presumo que estamos corretos e comparamos as mesmas coisas)
Você pode usar o rast calc de qualquer pacote (qgis, grama, saga) para compará-los, por exemplo:
deviation_rast = abs( (raster1 - raster2) / raster1 * 100 )
cada célula da varredura resultante exibirá a porcentagem que a varredura2 se desvia da varredura1.
Depois disso, você pode reclassificar o deviation_rast com base em suas necessidades: por exemplo
red -> deviation_rast_value > 75
orange -> deviation_rast_value > 50
yellow -> deviation_rast_value > 25
green -> deviation_rast_value > 0
identificar áreas problemáticas - e escolher se deseja intervir ou não