Eu não sabia dizer para Android, mas consegui fazer isso para iOS.
O que você precisa considerar é que o spatialite exige que as bibliotecas GEOS e PROJ4 nativas funcionem corretamente (para índices espaciais), portanto essas também precisam ser compiladas.
A versão do sqlite exigida pelo spatialite também pode ser diferente da distribuída na plataforma (este é o caso no iOS: a versão do sqlite é muito antiga para ser usada diretamente pelo spatialite), é por isso que a maneira certa de fazê-lo é obter a versão de "amálgama" do spatialite (que também encapsula o sqlite) e compilar a partir disso.
http://www.gaia-gis.it/spatialite/sources.html
Há um breve aviso no site spatialite com algumas informações sobre como construir spatialite:
http://www.gaia-gis.it/spatialite/how_to_build_libspatialite.html
Para GEOS e PROJ4, você deve poder compilá-los a partir dos scripts entregues com o projeto facilmente. No entanto, do meu lado, mesmo que a compilação tenha corrido bem com os scripts, eu tive alguns efeitos colaterais em tempo de execução com tipo duplo (alguns eram NaN), então os compilei diretamente no XCode (o desenvolvedor do iOS) e o comportamento do tempo de execução foi OK então.