Você deve seguir absolutamente as etapas fornecidas pela Esri para aplicar alterações de esquema nos seus conjuntos de réplicas. O uso de suas ferramentas é o caminho a seguir (e, é claro, é suportado!). A Esri possui um fluxo de trabalho muito bom e bem documentado para aplicar alterações de esquema nas duas réplicas do conjunto sem danificá-las. Siga os fluxos de trabalho deles e você deve ficar bem.
O script de suas alterações no Python também é definitivamente uma opção, mas não tenho certeza de quão universal poderia ser o seu script para propagar qualquer tipo de alteração de esquema para as duas réplicas adequadamente. Uma possibilidade é escrever um script Python e a ferramenta GP correspondente para cada tipo de alteração de esquema que você antecipar que possa ocorrer (por exemplo, adicionar um campo, excluir um campo, adicionar um domínio, modificar um subtipo).
Por fim, não posso dizer pelo que você escreveu se você está pensando em fazer alterações de esquema no seu conjunto de réplicas usando ferramentas que não sejam da Esri. Se for esse o caso, posso apenas imaginar que você está se referindo às ferramentas RDBMS. Eu sugeriria não seguir esse caminho, a menos que você seja um especialista em replicação e controle de versão. Fazer alterações na tabela base, por exemplo, usando ferramentas RDBMS, mas não nas tabelas A, D, S e F correspondentes, pode ter efeitos negativos profundos no banco de dados e no ArcSDE em geral. No mínimo, você irá corromper as classes de objetos modificadas no ArcSDE. Na pior das hipóteses, você pode estar em uma situação em que seu geodatabase é irrecuperável. Espero que você não esteja pensando em seguir esse caminho, mas eu queria cobri-lo por precaução.