Você pode usar uma declaração condicional. O problema com as recomendações anteriores é que, quando você rasterizar seus polígonos (o que é necessário), o plano de fundo, que não contém polígonos, será NoData, resultando em áreas correspondentes na saída que também serão NoData. Você precisará definir sua extensão de análise para sua varredura original e, em seguida, definir um valor de segundo plano (ou seja, 0) para a varredura de polígono rasterizado usando SetNull. Depois de fazer isso, uma declaração condicional na calculadora raster será algo parecido com isto.
Con ("praster"> 0, "praster", "OrgRaster")
"praster" é sua classe de recurso ploygon rasterizado, com um valor de fundo 0, e "OrgRaster" é o raster que você deseja modificar. Esta declaração está dizendo que, se o praster for maior que 0, atribua valores do praster, caso contrário, atribua valores do OrgRaster.