Respostas:
Eu os empilharia primeiro:
gdalbuildvrt -separate -input_file_list my_files.txt my.vrt
onde meus_arquivos contém uma lista dos arquivos que você deseja usar, na ordem específica. Em seguida, corte com gdal_translate:
gdal_translate -projwin ulx uly lrx lry my.vrt my.tif
Eu usaria gdal_translate e gdal_merge.py:
Traduza as imagens para recortar (subconfigure-as) usando gdal_translate. Você pode usar um script bash para automatizar. Algo ao longo das linhas abaixo.
for f in *.tif;do gdal_translate -projwin ulx uly lrx lry "$f" "$f".cropped.tif ; done
Use gdal_merge.py para 'empilhar' as imagens. Aqui não estamos controlando explicitamente a ordem das pilhas. Eu acredito que estes serão empilhados alfanumericamente em ordem crescente (0-9, depois az).
gdal_merge.py -separate -o myoutput.tif *.cropped.tif
Eu usei -o myoutput.tif porque não sei se o myoutput.vrt funcionará com o gdal_merge.py. Suponho que sim, pois é um formato suportado pelo GDAL, mas nunca o testei.